聚丙烯酰胺本身基本無毒，它在進人人體后，絕大部分在短期內排出體外，很少量被消化道吸收。多數商品也不刺激皮膚，只有某些水解體可能有殘余堿，當反復、長期接觸時會產生刺激性。但殘留的丙烯酰胺單體和生產過程中夾帶的有毒金屬會產生毒性。丙烯酰胺為神經性致毒劑，對神經系統有損傷作用，中毒后表現出肌體無力，運動失調等癥狀。表3列出了各國對聚丙烯酰胺作飲用水處
某些陽離子型聚丙烯酰胺的情況復雜些，它們的慢性毒性正進一步研究中。請參閱我國1990年制定的粉狀聚丙烯酰胺的質量標準。
對應用于飲用水處理的絮凝劑，應使用食品級的產品為合適。某水廠使用廣州聚丙烯酰胺工程中心的食品級、低殘型粉劑，游離丙烯酰胺含量0· 05m L，大投加量為0·的mg/L,忽略其相當部分游離單體會隨沉淀物一并去除不計，出廠水大游離丙烯酰胺含量理論值小于0· 0045m L。經抽樣檢驗其沉淀池、濾池出水和出廠自來水均未發現有丙烯酰胺單體。故認為只要能控制好使用產品的質量和投加量，則采用聚丙烯酰胺助凝工藝，對飲用水是安全的。